清朝虽然迁都北京，可是在全国大部分地区，它的势力还没有达到。所以，多尔衮下令向南方进军，以便彻底扫清明朝的残余势力，实现在全国的统治。

　　这时候，南方的形势也很紧张，农民起义军攻进北京和崇祯皇帝自杀的消息传到江南以后，引起了很大的震动。明朝的陪都南京，自然成了政治中心。在这里的文武官员们商议拥立新皇帝的事，不久，他们宣布由万历皇帝的孙子福王朱由崧即位做皇帝。

　　这个小朝廷拥有淮河下流和长江以南广大地区，掌握着五十万大军。实力还是相当雄厚的。可是，它一心一意要"报君父之仇"，不但不设法抵御清军，还派使臣携带黄金、白银和绸缎到北京酬谢清军入关杀"贼。"又从海上运大米和白银奖赏吴三桂借兵破"贼"。清朝收下礼品，派了一个大臣对福王使臣说："我们发兵为你们报仇，你们不发一兵，反倒突然私下立了皇帝，是何道理？"福王使臣分辩说："当今皇帝是万历皇帝的嫡孙，深受臣民的拥戴，现在正整练兵马，令我们前来邀请你们，共同发兵讨贼。"清朝大臣听罢哈哈大笑，说："不用邀请了，我们已经发兵下江南了，你们还是早降顺我们大清朝吧！"

　　清军已经南下，可是福王政权还在那里闹内讧呢！大学士马士英仗着拥立福王的功劳，把持朝政。他重用臭名远扬的阉党（明朝依附于太监的官僚集团）恶棍阮大铖，大卖官爵，搜刮民财。即便是目不识丁的人，只要有钱，就要以买个官爵，在大街上招摇撞骗，骚扰百姓。老百姓恨透了马士英，就连三尺童子，都站在街上唱：

　　职方贱如狗，都督满街走；

　　扫尽江南钱，填塞马家口。

　　镇守武昌的总兵官左良玉痛恨马士英贪赃枉法，就率兵沿长江东下讨伐马士英，提出要"清君侧"。这时候，清朝大将多铎已经率兵逼近扬州了，马士英却让镇守扬州的大学士史可法从前线调兵抵挡左良玉。史可法派人劝福王说："左良玉并不敢与朝廷为难，可清失一来，国家就要灭亡了。"福王也对马士英说："左良玉虽然不该进逼南京，但我看他的奏章，不是要造反。现在还是守淮南要紧。"马士英两眼一瞪，大声呵斥说："清兵来，还好商量议和；左良玉来，他们做大官，咱们君臣还能活吗？以后谁再敢说守扬州，斩首不赦。"福王吓得也不敢再开口了。

　　其实福王更是一个只知道吃喝玩乐的昏君。形势已经这样危急了，他还下令选美女，派出许多士兵手持棍棒，闯入民宅，只要见到年轻妇女，不由分说，拿黄纸贴在额头上，拉着就走。他派人到苏州和杭州去挑选妃子，那里的老百姓说了，连夜嫁姑娘娶媳妇，全城的人都好像着了疯魔一样。南京城的新宫殿兴宁宫落成了，福王命大臣写楹联（挂在楹上的对联。楹，只屋子前部的柱子）供他挑选。有个大臣投他所好，写了一副楹联，上联是"万事不如杯在手"，下联是"人生几见月当头"。福王对这副宣扬吃喝玩乐的楹联十分满意，马上命人挂了上去。

　　顺治二年（公元一六四五年）四月，清军攻到了离扬州城只有三十里的地方。正在抵挡左良玉进攻的史可法得到消息，心急如焚，连标兵都带不及带，只率领几个仆从，骑上快马，连夜赶回了扬州。史可法是个为人正直、做官廉洁的人。率兵打仗，他总是和士兵们同甘共苦，士兵们没吃饱他不肯先吃饭，士兵们没有御寒的衣服他也决不先穿。所以，他的威信很高，福王政权建立以后，马士英忌恨史可法的威望，便怂恿福王把他派到扬州督师。当时，多尔衮也想借助史可法的声望平定江南，一再写信劝他降清。史可法断然拒绝，他在回信中说："我已决心为国鞠躬尽瘁，对于你的招降，我是无论如何不能听从的。"

　　这一次，史可法赶回扬州，马上派人四处调兵。可是各镇将领都拥兵观望，拒不听命。只有总兵刘肇基率领两千人来到扬州救援。史可法见兵力太弱，无法迎击清军，就命令刘肇基将部队开入城内，紧闭城门，准备守城。

　　史可法身披铠甲，手持宝剑，亲自和刘肇基在城墙上指挥，才百姓也都组织起来，青壮年男子登城站岗，老年人和妇女烧水煮饭，扬州城的军民决心与敌人血战一场。

　　清军统帅多铎很敬重史可法的为人，好几次写信劝他投降，史可法连信封也不打开，就扔到了一边。多铎见劝降没用，就下令用大炮猛轰扬州城，城内军民伤亡很大。

　　总兵刘肇基向史可法献策说："城内地高，城外地低，可以决开淮河，将水灌入敌军阵地，不怕敌人不退。"史可法觉得这个法虽然可能制服敌军，但是也会伤害老百姓，就说："那样办，敌人未必能全军覆没，淮南一带的百姓可要遭殃了，我怎么忍心呢？"

　　清军加紧了攻势，城中军民尽管顽强抵抗，无奈力量悬殊，又孤立无援，史可法知道事情不会有转机了，就下决心与扬州城共存亡。他写信给母亲和妻子，表示自己要以身殉国，又叮嘱部将史德威说："我死之后，请把我埋在太祖皇帝墓侧。如果实在不行，就把我埋在扬州城外梅花岭吧！"

　　到了第七天，城西北角"轰"地一声，像地裂山崩一样，城墙被炮火轰塌了。清军从城墙缺口像潮水般涌进城里。将士们跟清军短兵相接，在街巷里展开了肉搏战。他们坚持到最后，没有一个人投降。全部壮烈牺牲，刘肇基也在巷战中被杀。史可法被清军俘获了。

　　清兵抓到史可法，不敢怠慢，马上把他拥上城楼，去见多铎。多铎一见是史可法，就快步上前行礼，很客气地说："我再三拜请，都被先生叱回。今天先生对旧朝忠义已尽，就请替我大清收拾江南，不愁没有厚报。"史可法声色俱厉地说："我是大明朝的重臣，岂能苟且偷生，作万世罪人！头可断！身不可屈！"多铎把脸一沉，说："既是忠臣，本帅就满足你的心愿吧！"史可法微微一笑，说："即使碎尸万段，我也甘心情愿。只有一件事相求，扬州城的百姓，请千万不要杀害。"说罢，他昂首下城，从容就义了。

　　多铎没有听史可法的话，对城中百姓进行了疯狂的屠杀，十天之内，就杀死了八十万人。城内尸积如山，血流成河，昔日繁华的扬州城几乎变成一座死城。这就是历史上有名的"扬州十日。"

　　史可法死后，福王政权失去了唯一一个有能力、有威望的大臣。从此，各路兵马或降清，或拥兵观望，或撤军南逃。清军势如破竹，长驱直下，很快逼近了南京城。

　　福王下令把所有的城门都紧紧关上，然后招来梨园子弟，同他们肩并肩地坐在一起，饮酒唱戏取乐，一直闹到深夜。到了二更时分，福王一挥手，遣散了梨园子弟，独自带着十几个贴身太监，从南京通济门逃走了。马士英趁火打劫，指使他的儿子抢了老百姓许多财物，也逃之夭夭。第二天，清军开到了南京城下，大臣赵之龙、钱谦益等人跪地献城，清军顺利地占领了南京，福王逃出不远，被清军抓住；马士英也投降了清朝。他们两个人后来都被杀死。维持不到一年的福王政权灭亡了。

　　在这以后，南方各地又出现了江浙地区的鲁王政权、福建地区的唐王政权、云贵地区的桂王政权等。历史上把这些政权（包括福王政权）统称为"南明"。南明在汉族人民中有一定的号召力，但是都抵挡不住清军，不久都相继灭亡了。